По-скоро това:

Така на всеки аналогов вход на контролера импеданса на източника е около 5к.
Най-долната клетка ще се разрежда с най-голям ток - около 2,4мА, а най-горната клетка с най-малък ток - около 0,8мА.
За кондерите можеш да експериментираш със стойностите - от 10 до 100 нанофарада керамични.

Това с кондензаторчетата е много добра идея.
Ще компенсират пиковете когато сработва семпъл-анд-холд системата и наистина ще подобри точността на измерването.
В случая, когато се мери постоянно напрежение ще са много полезни!

АЦП-тата могат да мерят от 0 до 5 волта, когато ползваш 5 волта за референтно напрежение.
Всяка клетка ти е под 5 волта в напълно заредено състояние и над 2 волта в разредено(точните стойности ще трябва да си ги провериш за съответния тип батерия).
Точността на измерване на АЦП-тата е  най-висока в последната една трета от обхвата, т.е. над 2/3 от референтното напрежение.
Най-долното АЦП получава директно напрежението на първата клетка, което не надвишава 5 волта, за това е вързано само през резистор за защита за всеки случай..
За втората и третата клетка напреженията са вече два или три пъти по-високи спрямо първата клетка(сумират се) и за това се налага чрез резисторни делители да се намаля напрежението, за да не надвишава 5 волта на всеки АЦП вход. Иначе ще изгориш микроконтролера!
За това ти казах - седни прочети малко основи на електротехниката - закона на Ом, основни неща като паралелно и последователно свързване на резистори, кондензатори и индуктивности, основи на импулсната схемотехника за преходните процеси при RC звената(най-често срещаните неща при микроконтролерите и имбедид системите).

http://www.raltron.com/cust/tools/voltage_divider.asp
http://www.random-science-tools.com/electronics/divider.htm
Големината на резисторите се съобразява с това колко искаш да е разрядния ток и с входното съпротивление на микроконтролера.
Дай точната схема на свързване на клетките и напрежението на всяка от тях и ще ти дам конкретното свързване, ако не можеш да се справиш.

Версията на софтуера е 1.0.1 - мисля най-новата от сайта.
Версията на буутлоудъра не знам
Един приятел ми го качва и май го изрови от папките на самата програма, т.е. пак от тая версия 1.0.1.
За ресет-а - натискам бутона ъплоуд чакам 1-2 секунди, задържам го за около една секунда(да се разреди кондера) и го пускам.
Обикновено първо компилирам за да видя за грешки и тогава ъплоудвам.
Ето така ми е ресет-а:

Контролера не гледай че е друг - просто тоя хванах за да начертая схемата.
А резисторите последователно на Rx и Tx не съм ги слагал въобще. За сега тия два пина ги ползвам единствено и само за качване на скечовете през USB->TTL конвертора.

Сложи си бутон за ресет.
Резистор 5-10 килоома м/у ресета и +5 волта, кондензатор 10 микрофарада м/у ресета и маса, ключа за ресет м/у ресета и маса.
Първо компилираш скеча за да видиш че е ок, после натискаш бутона за качване и цъкаш ресет-а.
При мен така работи безотказно
Махни тия електролити около МАХ232 чипа - вземи си 1 микро керамични от жълтите.

http://www.ebay.com/itm/DK-duino-Atmega328p-20PU-IO-Expansion-board-USB-cable-UNO-R3-arduino-compatible-/181015661099?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item2a255fca2b

Идва си с УСБ кабел, по-евтините варианти са без кабел, а разликата е под 50 цента...
Като пари идва към 25лв.
По-евтино готово решение няма.
Иначе можеш да си купиш чип АТМега328П от Футурел например за 8лв., трябва да му налееш с програматор буутлоудър и после с някакъв преобразувател УСБ-ТТЛ да си качваш скечовете... И на универсална платка да си поиш елементи, ако нямаш бредборд за прототипиране.
Препоръчвам ти готовото решение